真空冷藏干燥機的制冷系統是其核心系統，它的平衡與否同意凍干制品的質量，所以，制冷系統平衡運轉十分關鍵，那么我們要怎樣保護呢？
　　1.  只有具有專業知識的人員就可以對制冷系統進行保護或修理。
　　2.  真空冷藏干燥機制冷系統電氣部件具有高電壓，因此，在制冷系統保護或修理時，主要就應阻斷電源。
　　3.  撥打電源后，電源開關處在撥打狀態，即便沒有操作方式設備，壓縮機也可能即時啟動廢舊制冷劑。
　　4.  制冷系統高壓部分高溫達100℃以上，防治燒傷，制冷系統擾動部分低溫達-70℃下列，防治灼傷。
　　5.  真空冷藏干燥機制冷系統制冷劑對大氣產生污染，不容隨便排放量。排放量制冷劑時請從制冷系統高壓部分開始，并保證水冷凝器冷卻水處在流動狀態，防治水冷藏裂。
　　6.  制冷劑填入和排放量時不要在密封環境及氨氣中操作方式，防止窒息而死和中毒。
　　7.  制冷劑填入和排放量佩戴好個人防水，小心操作方式，防止液態制冷劑灼熱眼睛或皮膚。
　　8.  制冷系統帶壓狀態嚴禁對制冷系統施焊或拆除部件。
　　9.  制冷系統冷藏機油處置請參考當地環保要求。
　　要想使真空冷藏干燥機制冷系統平衡運轉需要努力做到，勤看壓力表、溫度表與否在范圍內運轉，勤聽設備運轉有沒有雜音，勤查設備有沒有跑冒滴漏，并及時處置搞好設備維修保養工作。